Die Kunde vom neuapostolischen Glauben reicht bis in das Jahr 1924 zurück. Damals zogen neuapostolische Christen von Waiblingen kommend nach Mühlhausen. Bereits im Jahr 1925 konnte in der Bachhalde ein Raum angemietet werden. Hier fand der erste neuapostolische Gottesdienst in Mühlhausen statt. Im Lauf der Jahre wurde ein mehrmaliger Wechsel der Versammlungsstätte erforderlich. Gottesdienste wurden abgehalten in einem zum Palmschen Schloss zählenden Amtshaus, dann in einem Gebäude auf dem Betriebsgelände der Arnoldschen Weberei und zuletzt in einem neu erstellten Wohnhaus in der Schirmerstraße.
Im Jahr 1937 wurde in Stuttgart-Münster in der Austraße eine neuapostolische Kirche erstellt. Die neuapostolischen Christen von Stuttgart-Mühlhausen besuchten dann dort die Gottesdienste, bis die Gemeinde im Jahr 1955 selbständig wurde. Die Gottesdienste fanden nun im ersten Stock des Gasthauses Krone in der Eybgasse 1 statt. Den Einweihungsgottesdienst hielt Bischof Karl Wolff aus Stuttgart-Bad Cannstatt. Er beauftragte als Vorsteher für die junge Gemeinde Priester Otto Blickle aus Stuttgart-Münster.
Das starke Wachstum an Mitgliedern, insbesondere auch durch die Gründung des Stadtteils Mönchsfeld, veranlasste die Kirchenleitung für die Gemeinde in Stuttgart-Mühlhausen eine eigene Kirche zu planen. Bereits im Jahr 1961 begannen die Grundstücksverhandlungen. Endlich konnte 1964 mit dem Bau der Kirche im Kurlandweg begonnen werden. Am 28. August 1966 weihte Apostel Wilhelm Jaggi (Stuttgart) in einem feierlichen Gottesdienst die neue Kirche. Ende des Jahres 1972 reduzierte sich die Zahl der Gemeindemitglieder erheblich, weil die im Stadtteil Mönchsfeld wohnenden Gemeindemitglieder zukünftig die Gottesdienste in der neu gegründeten Kirchengemeinde Stuttgart-Freiberg besuchten.
Seit ihrem Bestehen wurde die Gemeinde Stuttgart-Mühlhausen von insgesamt sechs Vorstehern betreut. Erster Vorsteher war der bereits erwähnte Priester Otto Blickle. Nach dessen Wegzug im Oktober 1963 wurde sein Nachfolger Gemeindeevangelist Alfred Stöhr aus Stuttgart-Münster. Ihm folgte Priester Hermann Heigl aus Stuttgart-Bad Cannstatt, der im Dezember des gleichen Jahres zum Gemeindeevangelist ordiniert wurde. Nach 15-jähriger Vorstehertätigkeit trat Gemeindeevangelist Hermann Heigl im Juli 1980 in den Ruhestand. Neuer Vorsteher wurde Priester Erich Müller (Stuttgart-Mühlhausen). Im Dezember 1994 trat Priester Müller in den Ruhestand. Sein Nachfolger wurde Priester Manfred Keim aus Stuttgart-Bad Cannstatt. Im Mai 1997 wird Priester Manfred Keim durch Apostel Werner Kühnle (Stuttgart) zum Gemeindeevangelist ordiniert und erhielt den Auftrag zukünftig in der Gemeinde Waiblingen zu wirken. Priester Werner Sigrist (zwischenzeitlich Gemeindeevangelist) aus Stuttgart-Neugereut wird neuer Vorsteher.
Aus Gründen der Energieeinsparung wurde die Kirche in den Monaten März und April 1981 zum Teil instandgesetzt und erhielt außerdem eine neue Heizung. Im Jahr 1997 wurde eine umfassende Modernisierung der Kirche notwendig. Nach sieben Monaten konnte das im Innenraum völlig neu gestaltete Gotteshaus wieder seiner Bestimmung übergeben werden. Bischof Bernd Dittus (Sindelfingen) hielt den Festgottesdienst zum Wiederbezug.
Aus Anlass des 50-jährigen Bestehens der Kirchengemeinde Stuttgart-Mühlhausen fand am Freitag, dem 12. August 2005 in Zusammenarbeit mit dem Roten Kreuz in der Neuapostolischen Kirche in Stuttgart-Mühlhausen eine Blutspendeaktion statt.
Inzwischen gehört dieser Blutspendetermin mit dem Deutschen Roten Kreuz zum festen Jahresprogramm der Gemeinde.
Seit dem 14. Januar 2018 gehört die bisherige Gemeinde Stuttgart-Mühlhausen zu Remseck. An diesem Sonntag versetzte Apostel Jürgen Loy den Vorsteher und Gemindeevangelisten Werner Sigrist in den Ruhestand und beauftragte den Gemeindeevangelisten Georg Kowarsch als Vorsteher für die zusammengeführte Gemeinde.