Kurz nach Kriegsende 1945 kamen die ersten neuapostolischen Gläubigen nach Hegnach. Am 14. November 1949 wurde in der Gartenstraße 35 der erste Gottesdienst abgehalten. Der damalige Vorsteher der jungen Kirchengemeinde war Priester Gustav Stolz, der zusammen mit Diakon Krumm die Gläubigen betreute. Bald darauf musste man sich aufgrund der wachsenden Gemeinde nach einem anderen Versammlungsraum umsehen. Diesen fand man im Haus von Familie Bindel in der Friedenstraße 44. Durch den späteren Verkauf dieses Gebäudes wurde ein erneuter Umzug notwendig. Als Zwischenlösung fand die Gemeinde im Mithra-Erholungsheim eine vorübergehende Unterkunft.
Ende Mai 1960 wurde Priester Erich Glauner durch Bezirksevangelist Single als neuer Vorsteher in die Gemeinde eingeführt. Er wurde von Diakon Willi Unger unterstützt. Ab Oktober 1960 fanden die Gottesdienste im Gasthaus Zur Linde in der Waiblinger Straße statt. Im März 1962 konnte die erste eigene Kirche im Remsweg 5 bezogen werden. Durch das stete Wachstum der Gemeinde kam auch hier der Zeitpunkt, an dem es an geeigneten zusätzlichen Räumlichkeiten mangelte. Nach entsprechender Planungs- und Bauzeit konnte am 20. Mai 1979 das heutige repräsentative Kirchengebäude eingeweiht werden. Am 23. Juli 1993 verstarb Gemeindevorsteher Erich Glauner. In den 33 Jahren seines Wirkens hatte sich Hegnach zu einer blühenden Kirchengemeinde entwickelt, die unter seiner Leitung von zehn weiteren Amtsträgern betreut wurde.
Im Oktober 1993 wurde Evangelist Horst Loy mit der Leitung der Gemeinde Hegnach beauftragt. Im November 1999 konnte 50-jähriges Gemeindejubiläum gefeiert werden, das Kirchengebäude war zu diesem Zeitpunkt 20 Jahre alt. Aus diesem Anlass fanden ein Festgottesdienst sowie ein Festliches Singen und Musizieren statt, zu dem auch alle ehemaligen Gemeindemitglieder eingeladen wurden.
Evangelist Loy wurde im September 2000 durch Apostel Werner Kühnle in den altersbedingten Ruhestand versetzt. Nun erhielt Evangelist Bernd Wilke den Auftrag, die Gemeinde Hegnach zu leiten. In die achtjährige Wirkungszeit von Evangelist Wilke fiel unter anderem auch eine grundlegende Renovierung des Kirchengebäudes. Im Mai 2001 wurde Priester Helmut Sixt, der bis zu diesem Zeitpunkt den gemischten Kirchenchor 31 Jahre lang geleitet hatte, als Priester und Dirigent in den altersbedingten Ruhestand versetzt. Mit der Leitung des Kirchenchores wurde nun Andrea Keim beauftragt, die den Chor seitdem mit großem Engagement führt.
Bernd Wilke wurde im April 2008 zum Bezirksevangelisten für den Kirchenbezirk Stuttgart-Bad Cannstatt ordiniert. Er blieb zunächst parallel dazu Vorsteher von Hegnach, bis im Oktober 2008 Priester Christian Debach aus Stuttgart-Bad Cannstatt neuer Vorsteher der Gemeinde wurde.
Am 15. November 2009 feierte die neuapostolische Kirchengemeinde Waiblingen-Hegnach ihr 60-jähriges Bestehen und den 30-jährigen Bestand des Kirchengebäudes. Zu diesem Anlass war ein Festgottesdienst anberaumt, den Bezirksevangelist Bernd Wilke durchführte. Zusammen mit ehemaligen Gemeindemitgliedern wurde der Nachmittag und Abend im Forum Fasanenhof verbracht.
Am Sonntag, 17. Februar 2013 wurde Priester Michael Scheible durch Apostel Jürgen Loy für die Gemeinde als neuer Vorsteher beauftragt.
Seit 2015 findet die Sonntagsschule für die Hegnacher Kinder gemeinsam mit den Kindern der benachbarten Kirchengemeinde WN-Hohenacker statt.
Im Jahr 2016 standen dem Vorsteher vier weitere Amtsträger zur Seite, welche die 67 Gemeindemitglieder betreuen. Der gemischte Kirchenchor zählte rund 25 Sänger. Bei festlichen Anlässen wurden die Gottesdienste musikalisch durch das Gemeindeorchester und ein Flötenorchester umrahmt.
Ab diesem Jahr wurde dann auch eine Kooperation der Kirchengemeinde Hegnach mit Hohenacker zu den gemeinsamen Wochengottesdiensten eingeführt. Aufgrund der rückläufigen Mitgliederzahlen und der demografischen Entwicklung hat sich der Entschluss zur Kooperation langfristig als sinnvoll bestätigt.
Im März 2018 wurde der bewährte Zusammenschluss letztendlich zum gemeinsamen Besuch aller gottesdienstlichen Veranstaltungen ausgeweitet und für das restliche Jahr fanden diese im monatlichen Wechsel in den Kirchengemeinden statt.
Stand November 2018 zählt die neuapostolische Gemeinde Waiblingen-Hegnach 57 Mitglieder, davon 3 Kinder.
Die Entscheidung, welche der beiden Kirchen als dauerhafter und alleiniger Standort sinnvoll und tragfähig ist war nicht einfach. Zum Ende dieses mehrjährig dauernden Prozesses steht der Entschluss, die beiden Gemeinden nun zu einer Gemeinde zusammen zu führen mit dem künftigen Gottesdienstlokal in Hohenacker. Dieses Gebäude ist zudem auch „jünger“ und wird den Mitgliedern weiterhin eine gute, aktive und harmonische Gemeinschaft bieten können.
Ab dem 01.12.2018 finden alle Veranstaltungen ausschließlich in Hohenacker statt.
Die Entwidmung des Standortes in Hegnach ist am 31. Januar 2019 und läutet eine neue Zeit der bisher benachbarten und nun vereinigten Gemeinden am Standort in WN-Hohenacker ein.